The thermodynamic parameters for buG4 formation with different bulge size under noncrowding and crowding conditions
| . | Noncrowdinga (without PEG 200) . | Crowdingb (10 wt% PEG 200) . | |||
|---|---|---|---|---|---|
| Name . | Sequences (5′- 3′) . | Tm (°C)c . | ΔG°37 (kcal·mol-1) . | Tm (°C)c . | ΔG°37 (kcal·mol-1) . |
| bT1-1 | TTGTGGTGGGTGGGTGGGT | 74.9 ± 0.5 | −6.6 ± 0.6 | 81.0 ± 0.9 | −7.8 ± 0.3 |
| bT2-1 | TTGTTGGTGGGTGGGTGGGT | 59.8 ± 0.9 | −4.1 ± 0.3 | 68.4 ± 0.2 | −5.7 ± 0.4 |
| bT3-1 | TTGTTTGGTGGGTGGGTGGGT | 49.4 ± 0.6 | −2.2 ± 0.1 | 58.9 ± 0.5 | −4.0 ± 0.2 |
| bT4-1 | TTGTTTTGGTGGGTGGGTGGGT | 42.0 ± 1.0 | −1.0 ± 0.4 | 51.6 ± 0.2 | −2.6 ± 0.2 |
| bT5-1 | TTGTTTTTGGTGGGTGGGTGGGT | 37.7 ± 0.3 | −0.2 ± 0.3 | 48.0 ± 0.4 | −1.7 ± 0.1 |
| bT6-1 | TTGTTTTTTGGTGGGTGGGTGGGT | 34.2 ± 0.2 | 0.2 ± 0.2 | 46.4 ± 0.8 | −1.5 ± 0.4 |
| bT7-1 | TTGTTTTTTTGGTGGGTGGGTGGGT | 33.2 ± 0.2 | 0.5 ± 0.1 | 46.5 ± 0.4 | −1.6 ± 0.3 |
| bT1-2 | TTGGTGTGGGTGGGTGGGT | 64.2 ± 0.2 | −4.3 ± 0.1 | 71.9 ± 0.5 | −6.1 ± 0.2 |
| bT2-2 | TTGGTTGTGGGTGGGTGGGT | 64.2 ± 0.2 | −3.6 ± 0.5 | 69.2 ± 0.1 | −5.8 ± 0.4 |
| bT3-2 | TTGGTTTGTGGGTGGGTGGGT | 58.4 ± 0.1 | −3.3 ± 0.2 | 63.3 ± 1.2 | −4.8 ± 0.3 |
| bT4-2 | TTGGTTTTGTGGGTGGGTGGGT | 50.2 ± 0.2 | −2.4 ± 0.1 | 55.8 ± 0.1 | −3.5 ± 0.3 |
| bT5-2 | TTGGTTTTTGTGGGTGGGTGGGT | 44.4 ± 2.0 | −1.1 ± 0.1 | 49.4 ± 3.0 | −2.3 ± 0.5 |
| bT6-2 | TTGGTTTTTTGTGGGTGGGTGGGT | 39.4 ± 0.6 | −0.3 ± 0.2 | 44.4 ± 0.3 | −1.4 ± 0.2 |
| bT7-2 | TTGGTTTTTTTGTGGGTGGGTGGGT | 35.6 ± 0.6 | 0.2 ± 0.1 | 41.1 ± 1.1 | −0.8 ± 0.4 |
| bT1-3 | TTGGGTGTGGTGGGTGGGT | 65.6 ± 0.9 | −5.3 ± 0.3 | 75.8 ± 1.1 | −7.2 ± 0.3 |
| bT2-3 | TTGGGTGTTGGTGGGTGGGT | 46.1 ± 0.1 | −1.5 ± 0.1 | 57.6 ± 0.5 | −3.6 ± 0.3 |
| bT3-3 | TTGGGTGTTTGGTGGGTGGGT | 34.6 ± 0.6 | 0.3 ± 0.3 | 44.9 ± 0.5 | −1.5 ± 0.5 |
| bT4-3 | TTGGGTGTTTTGGTGGGTGGGT | 24.9 ± 2.1 | –d | 37.4 ± 1.0 | −0.2 ± 0.3 |
| bT5-3 | TTGGGTGTTTTTGGTGGGTGGGT | 19.6 ± 1.4 | –d | 32.4 ± 0.8 | 0.5 ± 0.2 |
| bT6-3 | TTGGGTGTTTTTTGGTGGGTGGGT | 14.7 ± 1.5 | –d | 28.7 ± 0.9 | 1.0 ± 0.2 |
| bT7-3 | TTGGGTGTTTTTTTGGTGGGTGGGT | –d | –d | 27.2 ± 0.5 | 1.6 ± 0.1 |
| bT1-4 | TTGGGTGGTGTGGGTGGGT | 65.3 ± 0.7 | −5.3 ± 0.3 | 72.0 ± 0.6 | −6.6 ± 0.1 |
| bT2-4 | TTGGGTGGTTGTGGGTGGGT | 66.5 ± 0.6 | −5.1 ± 0.2 | 70.5 ± 0.3 | −6.5 ± 0.2 |
| bT3-4 | TTGGGTGGTTTGTGGGTGGGT | 63.7 ± 0.8 | −5.2 ± 0.2 | 66.8 ± 0.5 | −5.8 ± 0.2 |
| bT4-4 | TTGGGTGGTTTTGTGGGTGGGT | 53.2 ± 0.6 | −3.1 ± 0.2 | 56.8 ± 0.5 | −4.0 ± 0.3 |
| bT5-4 | TTGGGTGGTTTTTGTGGGTGGGT | 45.5 ± 0.5 | −1.7 ± 0.1 | 50.1 ± 0.5 | −2.6 ± 0.1 |
| bT6-4 | TTGGGTGGTTTTTTGTGGGTGGGT | 40.1 ± 0.5 | −0.8 ± 0.2 | 45.5 ± 0.3 | −1.8 ± 0.2 |
| bT7-4 | TTGGGTGGTTTTTTTGTGGGTGGGT | 37.2 ± 0.4 | −0.1 ± 0.1 | 42.5 ± 0.9 | −1.1 ± 0.1 |
| bT1-5 | TTGGGTGGGTGTGGTGGGT | 64.7 ± 1.0 | −5.3 ± 0.3 | 74.8 ± 0.5 | −7.4 ± 0.3 |
| bT2-5 | TTGGGTGGGTGTTGGTGGGT | 45.5 ± 1.2 | −1.1 ± 0.4 | 57.2 ± 0.1 | −3.6 ± 0.1 |
| bT3-5 | TTGGGTGGGTGTTTGGTGGGT | 34.2 ± 1.5 | 0.4 ± 0.2 | 44.9 ± 0.2 | −1.7 ± 0.5 |
| bT4-5 | TTGGGTGGGTGTTTTGGTGGGT | 26.2 ± 1.0 | –d | 35.6 ± 0.3 | −0.4 ± 0.1 |
| bT5-5 | TTGGGTGGGTGTTTTTGGTGGGT | 22.0 ± 1.2 | –d | 31.9 ± 1.5 | 0.4 ± 0.1 |
| bT6-5 | TTGGGTGGGTGTTTTTTGGTGGGT | 18.6 ± 1.4 | –d | 29.3 ± 1.3 | 1.0 ± 0.1 |
| bT7-5 | TTGGGTGGGTGTTTTTTTGGTGGGT | 16.3 ± 0.4 | –d | 26.5 ± 1.5 | 0.5 ± 0.2 |
| bT1-6 | TTGGGTGGGTGGTGTGGGT | 63.2 ± 0.5 | −4.7 ± 0.2 | 71.8 ± 0.8 | −6.4 ± 0.2 |
| bT2-6 | TTGGGTGGGTGGTTGTGGGT | 63.3 ± 0.8 | −4.9 ± 0.1 | 67.4 ± 0.6 | −5.9 ± 0.2 |
| bT3-6 | TTGGGTGGGTGGTTTGTGGGT | 60.5 ± 0.6 | −4.5 ± 0.1 | 64.0 ± 0.6 | −5.2 ± 0.1 |
| bT4-6 | TTGGGTGGGTGGTTTTGTGGGT | 49.6 ± 0.6 | −2.4 ± 0.2 | 54.3 ± 0.5 | −3.2 ± 0.3 |
| bT5-6 | TTGGGTGGGTGGTTTTTGTGGGT | 41.6 ± 0.8 | −1.0 ± 0.1 | 48.1 ± 0.6 | −2.2 ± 0.1 |
| bT6-6 | TTGGGTGGGTGGTTTTTTGTGGGT | 36.7 ± 0.5 | −0.2 ± 0.1 | 42.8 ± 0.3 | −1.2 ± 0.1 |
| bT7-6 | TTGGGTGGGTGGTTTTTTTGTGGGT | 33.2 ± 0.9 | 0.5 ± 0.1 | 39.9 ± 1.1 | −0.6 ± 0.1 |
| bT1-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTGGT | 63.4 ± 0.5 | −4.8 ± 0.5 | 73.8 ± 0.2 | −7.0 ± 0.4 |
| bT2-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTGGT | 47.0 ± 0.1 | −1.3 ± 0.5 | 57.2 ± 0.1 | −3.8 ± 0.4 |
| bT3-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTTGGT | 31.9 ± 1.1 | 0.7 ± 0.2 | 43.6 ± 0.9 | −1.1 ± 0.2 |
| bT4-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTTTGGT | 25.2 ± 1.2 | 1.6 ± 0.3 | 35.1 ± 0.6 | −0.1 ± 0.2 |
| bT5-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTTTTGGT | 20.2 ± 0.3 | 1.7 ± 0.4 | 29.9 ± 0.8 | 0.7 ± 0.2 |
| bT6-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTTTTTGGT | 15.2 ± 1.2 | –d | 26.2 ± 0.6 | 1.1 ± 0.2 |
| bT7-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTTTTTTGGT | –d | –d | 24.9 ± 0.9 | –d |
| bT1-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTGT | 64.3 ± 0.5 | −4.0 ± 0.2 | 73.6 ± 0.4 | −6.6 ± 0.4 |
| bT2-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTGT | 58.5 ± 1.5 | −4.0 ± 0.2 | 65.6 ± 0.3 | −5.5 ± 0.5 |
| bT3-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTTGT | 56.3 ± 0.7 | −3.5 ± 0.5 | 60.5 ± 0.3 | −4.7 ± 0.4 |
| bT4-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTTTGT | 47.8 ± 1.5 | −1.1 ± 0.6 | 52.1 ± 1.2 | −2.8 ± 0.4 |
| bT5-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTTTTGT | 38.8 ± 1.2 | −0.2 ± 0.2 | 46.2 ± 0.1 | −1.5 ± 0.3 |
| bT6-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTTTTTGT | 34.9 ± 0.9 | 0.3 ± 0.1 | 43.8 ± 0.6 | −1.2 ± 0.5 |
| bT7-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTTTTTTGT | 33.3 ± 0.3 | 0.9 ± 0.4 | 42.7 ± 0.7 | −1.1 ± 0.5 |
| . | Noncrowdinga (without PEG 200) . | Crowdingb (10 wt% PEG 200) . | |||
|---|---|---|---|---|---|
| Name . | Sequences (5′- 3′) . | Tm (°C)c . | ΔG°37 (kcal·mol-1) . | Tm (°C)c . | ΔG°37 (kcal·mol-1) . |
| bT1-1 | TTGTGGTGGGTGGGTGGGT | 74.9 ± 0.5 | −6.6 ± 0.6 | 81.0 ± 0.9 | −7.8 ± 0.3 |
| bT2-1 | TTGTTGGTGGGTGGGTGGGT | 59.8 ± 0.9 | −4.1 ± 0.3 | 68.4 ± 0.2 | −5.7 ± 0.4 |
| bT3-1 | TTGTTTGGTGGGTGGGTGGGT | 49.4 ± 0.6 | −2.2 ± 0.1 | 58.9 ± 0.5 | −4.0 ± 0.2 |
| bT4-1 | TTGTTTTGGTGGGTGGGTGGGT | 42.0 ± 1.0 | −1.0 ± 0.4 | 51.6 ± 0.2 | −2.6 ± 0.2 |
| bT5-1 | TTGTTTTTGGTGGGTGGGTGGGT | 37.7 ± 0.3 | −0.2 ± 0.3 | 48.0 ± 0.4 | −1.7 ± 0.1 |
| bT6-1 | TTGTTTTTTGGTGGGTGGGTGGGT | 34.2 ± 0.2 | 0.2 ± 0.2 | 46.4 ± 0.8 | −1.5 ± 0.4 |
| bT7-1 | TTGTTTTTTTGGTGGGTGGGTGGGT | 33.2 ± 0.2 | 0.5 ± 0.1 | 46.5 ± 0.4 | −1.6 ± 0.3 |
| bT1-2 | TTGGTGTGGGTGGGTGGGT | 64.2 ± 0.2 | −4.3 ± 0.1 | 71.9 ± 0.5 | −6.1 ± 0.2 |
| bT2-2 | TTGGTTGTGGGTGGGTGGGT | 64.2 ± 0.2 | −3.6 ± 0.5 | 69.2 ± 0.1 | −5.8 ± 0.4 |
| bT3-2 | TTGGTTTGTGGGTGGGTGGGT | 58.4 ± 0.1 | −3.3 ± 0.2 | 63.3 ± 1.2 | −4.8 ± 0.3 |
| bT4-2 | TTGGTTTTGTGGGTGGGTGGGT | 50.2 ± 0.2 | −2.4 ± 0.1 | 55.8 ± 0.1 | −3.5 ± 0.3 |
| bT5-2 | TTGGTTTTTGTGGGTGGGTGGGT | 44.4 ± 2.0 | −1.1 ± 0.1 | 49.4 ± 3.0 | −2.3 ± 0.5 |
| bT6-2 | TTGGTTTTTTGTGGGTGGGTGGGT | 39.4 ± 0.6 | −0.3 ± 0.2 | 44.4 ± 0.3 | −1.4 ± 0.2 |
| bT7-2 | TTGGTTTTTTTGTGGGTGGGTGGGT | 35.6 ± 0.6 | 0.2 ± 0.1 | 41.1 ± 1.1 | −0.8 ± 0.4 |
| bT1-3 | TTGGGTGTGGTGGGTGGGT | 65.6 ± 0.9 | −5.3 ± 0.3 | 75.8 ± 1.1 | −7.2 ± 0.3 |
| bT2-3 | TTGGGTGTTGGTGGGTGGGT | 46.1 ± 0.1 | −1.5 ± 0.1 | 57.6 ± 0.5 | −3.6 ± 0.3 |
| bT3-3 | TTGGGTGTTTGGTGGGTGGGT | 34.6 ± 0.6 | 0.3 ± 0.3 | 44.9 ± 0.5 | −1.5 ± 0.5 |
| bT4-3 | TTGGGTGTTTTGGTGGGTGGGT | 24.9 ± 2.1 | –d | 37.4 ± 1.0 | −0.2 ± 0.3 |
| bT5-3 | TTGGGTGTTTTTGGTGGGTGGGT | 19.6 ± 1.4 | –d | 32.4 ± 0.8 | 0.5 ± 0.2 |
| bT6-3 | TTGGGTGTTTTTTGGTGGGTGGGT | 14.7 ± 1.5 | –d | 28.7 ± 0.9 | 1.0 ± 0.2 |
| bT7-3 | TTGGGTGTTTTTTTGGTGGGTGGGT | –d | –d | 27.2 ± 0.5 | 1.6 ± 0.1 |
| bT1-4 | TTGGGTGGTGTGGGTGGGT | 65.3 ± 0.7 | −5.3 ± 0.3 | 72.0 ± 0.6 | −6.6 ± 0.1 |
| bT2-4 | TTGGGTGGTTGTGGGTGGGT | 66.5 ± 0.6 | −5.1 ± 0.2 | 70.5 ± 0.3 | −6.5 ± 0.2 |
| bT3-4 | TTGGGTGGTTTGTGGGTGGGT | 63.7 ± 0.8 | −5.2 ± 0.2 | 66.8 ± 0.5 | −5.8 ± 0.2 |
| bT4-4 | TTGGGTGGTTTTGTGGGTGGGT | 53.2 ± 0.6 | −3.1 ± 0.2 | 56.8 ± 0.5 | −4.0 ± 0.3 |
| bT5-4 | TTGGGTGGTTTTTGTGGGTGGGT | 45.5 ± 0.5 | −1.7 ± 0.1 | 50.1 ± 0.5 | −2.6 ± 0.1 |
| bT6-4 | TTGGGTGGTTTTTTGTGGGTGGGT | 40.1 ± 0.5 | −0.8 ± 0.2 | 45.5 ± 0.3 | −1.8 ± 0.2 |
| bT7-4 | TTGGGTGGTTTTTTTGTGGGTGGGT | 37.2 ± 0.4 | −0.1 ± 0.1 | 42.5 ± 0.9 | −1.1 ± 0.1 |
| bT1-5 | TTGGGTGGGTGTGGTGGGT | 64.7 ± 1.0 | −5.3 ± 0.3 | 74.8 ± 0.5 | −7.4 ± 0.3 |
| bT2-5 | TTGGGTGGGTGTTGGTGGGT | 45.5 ± 1.2 | −1.1 ± 0.4 | 57.2 ± 0.1 | −3.6 ± 0.1 |
| bT3-5 | TTGGGTGGGTGTTTGGTGGGT | 34.2 ± 1.5 | 0.4 ± 0.2 | 44.9 ± 0.2 | −1.7 ± 0.5 |
| bT4-5 | TTGGGTGGGTGTTTTGGTGGGT | 26.2 ± 1.0 | –d | 35.6 ± 0.3 | −0.4 ± 0.1 |
| bT5-5 | TTGGGTGGGTGTTTTTGGTGGGT | 22.0 ± 1.2 | –d | 31.9 ± 1.5 | 0.4 ± 0.1 |
| bT6-5 | TTGGGTGGGTGTTTTTTGGTGGGT | 18.6 ± 1.4 | –d | 29.3 ± 1.3 | 1.0 ± 0.1 |
| bT7-5 | TTGGGTGGGTGTTTTTTTGGTGGGT | 16.3 ± 0.4 | –d | 26.5 ± 1.5 | 0.5 ± 0.2 |
| bT1-6 | TTGGGTGGGTGGTGTGGGT | 63.2 ± 0.5 | −4.7 ± 0.2 | 71.8 ± 0.8 | −6.4 ± 0.2 |
| bT2-6 | TTGGGTGGGTGGTTGTGGGT | 63.3 ± 0.8 | −4.9 ± 0.1 | 67.4 ± 0.6 | −5.9 ± 0.2 |
| bT3-6 | TTGGGTGGGTGGTTTGTGGGT | 60.5 ± 0.6 | −4.5 ± 0.1 | 64.0 ± 0.6 | −5.2 ± 0.1 |
| bT4-6 | TTGGGTGGGTGGTTTTGTGGGT | 49.6 ± 0.6 | −2.4 ± 0.2 | 54.3 ± 0.5 | −3.2 ± 0.3 |
| bT5-6 | TTGGGTGGGTGGTTTTTGTGGGT | 41.6 ± 0.8 | −1.0 ± 0.1 | 48.1 ± 0.6 | −2.2 ± 0.1 |
| bT6-6 | TTGGGTGGGTGGTTTTTTGTGGGT | 36.7 ± 0.5 | −0.2 ± 0.1 | 42.8 ± 0.3 | −1.2 ± 0.1 |
| bT7-6 | TTGGGTGGGTGGTTTTTTTGTGGGT | 33.2 ± 0.9 | 0.5 ± 0.1 | 39.9 ± 1.1 | −0.6 ± 0.1 |
| bT1-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTGGT | 63.4 ± 0.5 | −4.8 ± 0.5 | 73.8 ± 0.2 | −7.0 ± 0.4 |
| bT2-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTGGT | 47.0 ± 0.1 | −1.3 ± 0.5 | 57.2 ± 0.1 | −3.8 ± 0.4 |
| bT3-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTTGGT | 31.9 ± 1.1 | 0.7 ± 0.2 | 43.6 ± 0.9 | −1.1 ± 0.2 |
| bT4-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTTTGGT | 25.2 ± 1.2 | 1.6 ± 0.3 | 35.1 ± 0.6 | −0.1 ± 0.2 |
| bT5-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTTTTGGT | 20.2 ± 0.3 | 1.7 ± 0.4 | 29.9 ± 0.8 | 0.7 ± 0.2 |
| bT6-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTTTTTGGT | 15.2 ± 1.2 | –d | 26.2 ± 0.6 | 1.1 ± 0.2 |
| bT7-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTTTTTTGGT | –d | –d | 24.9 ± 0.9 | –d |
| bT1-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTGT | 64.3 ± 0.5 | −4.0 ± 0.2 | 73.6 ± 0.4 | −6.6 ± 0.4 |
| bT2-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTGT | 58.5 ± 1.5 | −4.0 ± 0.2 | 65.6 ± 0.3 | −5.5 ± 0.5 |
| bT3-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTTGT | 56.3 ± 0.7 | −3.5 ± 0.5 | 60.5 ± 0.3 | −4.7 ± 0.4 |
| bT4-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTTTGT | 47.8 ± 1.5 | −1.1 ± 0.6 | 52.1 ± 1.2 | −2.8 ± 0.4 |
| bT5-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTTTTGT | 38.8 ± 1.2 | −0.2 ± 0.2 | 46.2 ± 0.1 | −1.5 ± 0.3 |
| bT6-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTTTTTGT | 34.9 ± 0.9 | 0.3 ± 0.1 | 43.8 ± 0.6 | −1.2 ± 0.5 |
| bT7-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTTTTTTGT | 33.3 ± 0.3 | 0.9 ± 0.4 | 42.7 ± 0.7 | −1.1 ± 0.5 |
aExperiments were performed in 10 mM Tris–HCl buffer containing 10 mM KCl (pH 7.4 at 37°C).
bExperiments were performed in 10 mM Tris–HCl buffer containing 10 mM KCl and 10 wt% PEG 200 (pH 7.4 at 37°C).
cDNA concentration used for the measurement was 5 μM. d(-) represents the values cannot be calculated as the buG4 structures were unstable at 37°C.
The thermodynamic parameters for buG4 formation with different bulge size under noncrowding and crowding conditions
| . | Noncrowdinga (without PEG 200) . | Crowdingb (10 wt% PEG 200) . | |||
|---|---|---|---|---|---|
| Name . | Sequences (5′- 3′) . | Tm (°C)c . | ΔG°37 (kcal·mol-1) . | Tm (°C)c . | ΔG°37 (kcal·mol-1) . |
| bT1-1 | TTGTGGTGGGTGGGTGGGT | 74.9 ± 0.5 | −6.6 ± 0.6 | 81.0 ± 0.9 | −7.8 ± 0.3 |
| bT2-1 | TTGTTGGTGGGTGGGTGGGT | 59.8 ± 0.9 | −4.1 ± 0.3 | 68.4 ± 0.2 | −5.7 ± 0.4 |
| bT3-1 | TTGTTTGGTGGGTGGGTGGGT | 49.4 ± 0.6 | −2.2 ± 0.1 | 58.9 ± 0.5 | −4.0 ± 0.2 |
| bT4-1 | TTGTTTTGGTGGGTGGGTGGGT | 42.0 ± 1.0 | −1.0 ± 0.4 | 51.6 ± 0.2 | −2.6 ± 0.2 |
| bT5-1 | TTGTTTTTGGTGGGTGGGTGGGT | 37.7 ± 0.3 | −0.2 ± 0.3 | 48.0 ± 0.4 | −1.7 ± 0.1 |
| bT6-1 | TTGTTTTTTGGTGGGTGGGTGGGT | 34.2 ± 0.2 | 0.2 ± 0.2 | 46.4 ± 0.8 | −1.5 ± 0.4 |
| bT7-1 | TTGTTTTTTTGGTGGGTGGGTGGGT | 33.2 ± 0.2 | 0.5 ± 0.1 | 46.5 ± 0.4 | −1.6 ± 0.3 |
| bT1-2 | TTGGTGTGGGTGGGTGGGT | 64.2 ± 0.2 | −4.3 ± 0.1 | 71.9 ± 0.5 | −6.1 ± 0.2 |
| bT2-2 | TTGGTTGTGGGTGGGTGGGT | 64.2 ± 0.2 | −3.6 ± 0.5 | 69.2 ± 0.1 | −5.8 ± 0.4 |
| bT3-2 | TTGGTTTGTGGGTGGGTGGGT | 58.4 ± 0.1 | −3.3 ± 0.2 | 63.3 ± 1.2 | −4.8 ± 0.3 |
| bT4-2 | TTGGTTTTGTGGGTGGGTGGGT | 50.2 ± 0.2 | −2.4 ± 0.1 | 55.8 ± 0.1 | −3.5 ± 0.3 |
| bT5-2 | TTGGTTTTTGTGGGTGGGTGGGT | 44.4 ± 2.0 | −1.1 ± 0.1 | 49.4 ± 3.0 | −2.3 ± 0.5 |
| bT6-2 | TTGGTTTTTTGTGGGTGGGTGGGT | 39.4 ± 0.6 | −0.3 ± 0.2 | 44.4 ± 0.3 | −1.4 ± 0.2 |
| bT7-2 | TTGGTTTTTTTGTGGGTGGGTGGGT | 35.6 ± 0.6 | 0.2 ± 0.1 | 41.1 ± 1.1 | −0.8 ± 0.4 |
| bT1-3 | TTGGGTGTGGTGGGTGGGT | 65.6 ± 0.9 | −5.3 ± 0.3 | 75.8 ± 1.1 | −7.2 ± 0.3 |
| bT2-3 | TTGGGTGTTGGTGGGTGGGT | 46.1 ± 0.1 | −1.5 ± 0.1 | 57.6 ± 0.5 | −3.6 ± 0.3 |
| bT3-3 | TTGGGTGTTTGGTGGGTGGGT | 34.6 ± 0.6 | 0.3 ± 0.3 | 44.9 ± 0.5 | −1.5 ± 0.5 |
| bT4-3 | TTGGGTGTTTTGGTGGGTGGGT | 24.9 ± 2.1 | –d | 37.4 ± 1.0 | −0.2 ± 0.3 |
| bT5-3 | TTGGGTGTTTTTGGTGGGTGGGT | 19.6 ± 1.4 | –d | 32.4 ± 0.8 | 0.5 ± 0.2 |
| bT6-3 | TTGGGTGTTTTTTGGTGGGTGGGT | 14.7 ± 1.5 | –d | 28.7 ± 0.9 | 1.0 ± 0.2 |
| bT7-3 | TTGGGTGTTTTTTTGGTGGGTGGGT | –d | –d | 27.2 ± 0.5 | 1.6 ± 0.1 |
| bT1-4 | TTGGGTGGTGTGGGTGGGT | 65.3 ± 0.7 | −5.3 ± 0.3 | 72.0 ± 0.6 | −6.6 ± 0.1 |
| bT2-4 | TTGGGTGGTTGTGGGTGGGT | 66.5 ± 0.6 | −5.1 ± 0.2 | 70.5 ± 0.3 | −6.5 ± 0.2 |
| bT3-4 | TTGGGTGGTTTGTGGGTGGGT | 63.7 ± 0.8 | −5.2 ± 0.2 | 66.8 ± 0.5 | −5.8 ± 0.2 |
| bT4-4 | TTGGGTGGTTTTGTGGGTGGGT | 53.2 ± 0.6 | −3.1 ± 0.2 | 56.8 ± 0.5 | −4.0 ± 0.3 |
| bT5-4 | TTGGGTGGTTTTTGTGGGTGGGT | 45.5 ± 0.5 | −1.7 ± 0.1 | 50.1 ± 0.5 | −2.6 ± 0.1 |
| bT6-4 | TTGGGTGGTTTTTTGTGGGTGGGT | 40.1 ± 0.5 | −0.8 ± 0.2 | 45.5 ± 0.3 | −1.8 ± 0.2 |
| bT7-4 | TTGGGTGGTTTTTTTGTGGGTGGGT | 37.2 ± 0.4 | −0.1 ± 0.1 | 42.5 ± 0.9 | −1.1 ± 0.1 |
| bT1-5 | TTGGGTGGGTGTGGTGGGT | 64.7 ± 1.0 | −5.3 ± 0.3 | 74.8 ± 0.5 | −7.4 ± 0.3 |
| bT2-5 | TTGGGTGGGTGTTGGTGGGT | 45.5 ± 1.2 | −1.1 ± 0.4 | 57.2 ± 0.1 | −3.6 ± 0.1 |
| bT3-5 | TTGGGTGGGTGTTTGGTGGGT | 34.2 ± 1.5 | 0.4 ± 0.2 | 44.9 ± 0.2 | −1.7 ± 0.5 |
| bT4-5 | TTGGGTGGGTGTTTTGGTGGGT | 26.2 ± 1.0 | –d | 35.6 ± 0.3 | −0.4 ± 0.1 |
| bT5-5 | TTGGGTGGGTGTTTTTGGTGGGT | 22.0 ± 1.2 | –d | 31.9 ± 1.5 | 0.4 ± 0.1 |
| bT6-5 | TTGGGTGGGTGTTTTTTGGTGGGT | 18.6 ± 1.4 | –d | 29.3 ± 1.3 | 1.0 ± 0.1 |
| bT7-5 | TTGGGTGGGTGTTTTTTTGGTGGGT | 16.3 ± 0.4 | –d | 26.5 ± 1.5 | 0.5 ± 0.2 |
| bT1-6 | TTGGGTGGGTGGTGTGGGT | 63.2 ± 0.5 | −4.7 ± 0.2 | 71.8 ± 0.8 | −6.4 ± 0.2 |
| bT2-6 | TTGGGTGGGTGGTTGTGGGT | 63.3 ± 0.8 | −4.9 ± 0.1 | 67.4 ± 0.6 | −5.9 ± 0.2 |
| bT3-6 | TTGGGTGGGTGGTTTGTGGGT | 60.5 ± 0.6 | −4.5 ± 0.1 | 64.0 ± 0.6 | −5.2 ± 0.1 |
| bT4-6 | TTGGGTGGGTGGTTTTGTGGGT | 49.6 ± 0.6 | −2.4 ± 0.2 | 54.3 ± 0.5 | −3.2 ± 0.3 |
| bT5-6 | TTGGGTGGGTGGTTTTTGTGGGT | 41.6 ± 0.8 | −1.0 ± 0.1 | 48.1 ± 0.6 | −2.2 ± 0.1 |
| bT6-6 | TTGGGTGGGTGGTTTTTTGTGGGT | 36.7 ± 0.5 | −0.2 ± 0.1 | 42.8 ± 0.3 | −1.2 ± 0.1 |
| bT7-6 | TTGGGTGGGTGGTTTTTTTGTGGGT | 33.2 ± 0.9 | 0.5 ± 0.1 | 39.9 ± 1.1 | −0.6 ± 0.1 |
| bT1-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTGGT | 63.4 ± 0.5 | −4.8 ± 0.5 | 73.8 ± 0.2 | −7.0 ± 0.4 |
| bT2-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTGGT | 47.0 ± 0.1 | −1.3 ± 0.5 | 57.2 ± 0.1 | −3.8 ± 0.4 |
| bT3-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTTGGT | 31.9 ± 1.1 | 0.7 ± 0.2 | 43.6 ± 0.9 | −1.1 ± 0.2 |
| bT4-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTTTGGT | 25.2 ± 1.2 | 1.6 ± 0.3 | 35.1 ± 0.6 | −0.1 ± 0.2 |
| bT5-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTTTTGGT | 20.2 ± 0.3 | 1.7 ± 0.4 | 29.9 ± 0.8 | 0.7 ± 0.2 |
| bT6-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTTTTTGGT | 15.2 ± 1.2 | –d | 26.2 ± 0.6 | 1.1 ± 0.2 |
| bT7-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTTTTTTGGT | –d | –d | 24.9 ± 0.9 | –d |
| bT1-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTGT | 64.3 ± 0.5 | −4.0 ± 0.2 | 73.6 ± 0.4 | −6.6 ± 0.4 |
| bT2-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTGT | 58.5 ± 1.5 | −4.0 ± 0.2 | 65.6 ± 0.3 | −5.5 ± 0.5 |
| bT3-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTTGT | 56.3 ± 0.7 | −3.5 ± 0.5 | 60.5 ± 0.3 | −4.7 ± 0.4 |
| bT4-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTTTGT | 47.8 ± 1.5 | −1.1 ± 0.6 | 52.1 ± 1.2 | −2.8 ± 0.4 |
| bT5-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTTTTGT | 38.8 ± 1.2 | −0.2 ± 0.2 | 46.2 ± 0.1 | −1.5 ± 0.3 |
| bT6-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTTTTTGT | 34.9 ± 0.9 | 0.3 ± 0.1 | 43.8 ± 0.6 | −1.2 ± 0.5 |
| bT7-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTTTTTTGT | 33.3 ± 0.3 | 0.9 ± 0.4 | 42.7 ± 0.7 | −1.1 ± 0.5 |
| . | Noncrowdinga (without PEG 200) . | Crowdingb (10 wt% PEG 200) . | |||
|---|---|---|---|---|---|
| Name . | Sequences (5′- 3′) . | Tm (°C)c . | ΔG°37 (kcal·mol-1) . | Tm (°C)c . | ΔG°37 (kcal·mol-1) . |
| bT1-1 | TTGTGGTGGGTGGGTGGGT | 74.9 ± 0.5 | −6.6 ± 0.6 | 81.0 ± 0.9 | −7.8 ± 0.3 |
| bT2-1 | TTGTTGGTGGGTGGGTGGGT | 59.8 ± 0.9 | −4.1 ± 0.3 | 68.4 ± 0.2 | −5.7 ± 0.4 |
| bT3-1 | TTGTTTGGTGGGTGGGTGGGT | 49.4 ± 0.6 | −2.2 ± 0.1 | 58.9 ± 0.5 | −4.0 ± 0.2 |
| bT4-1 | TTGTTTTGGTGGGTGGGTGGGT | 42.0 ± 1.0 | −1.0 ± 0.4 | 51.6 ± 0.2 | −2.6 ± 0.2 |
| bT5-1 | TTGTTTTTGGTGGGTGGGTGGGT | 37.7 ± 0.3 | −0.2 ± 0.3 | 48.0 ± 0.4 | −1.7 ± 0.1 |
| bT6-1 | TTGTTTTTTGGTGGGTGGGTGGGT | 34.2 ± 0.2 | 0.2 ± 0.2 | 46.4 ± 0.8 | −1.5 ± 0.4 |
| bT7-1 | TTGTTTTTTTGGTGGGTGGGTGGGT | 33.2 ± 0.2 | 0.5 ± 0.1 | 46.5 ± 0.4 | −1.6 ± 0.3 |
| bT1-2 | TTGGTGTGGGTGGGTGGGT | 64.2 ± 0.2 | −4.3 ± 0.1 | 71.9 ± 0.5 | −6.1 ± 0.2 |
| bT2-2 | TTGGTTGTGGGTGGGTGGGT | 64.2 ± 0.2 | −3.6 ± 0.5 | 69.2 ± 0.1 | −5.8 ± 0.4 |
| bT3-2 | TTGGTTTGTGGGTGGGTGGGT | 58.4 ± 0.1 | −3.3 ± 0.2 | 63.3 ± 1.2 | −4.8 ± 0.3 |
| bT4-2 | TTGGTTTTGTGGGTGGGTGGGT | 50.2 ± 0.2 | −2.4 ± 0.1 | 55.8 ± 0.1 | −3.5 ± 0.3 |
| bT5-2 | TTGGTTTTTGTGGGTGGGTGGGT | 44.4 ± 2.0 | −1.1 ± 0.1 | 49.4 ± 3.0 | −2.3 ± 0.5 |
| bT6-2 | TTGGTTTTTTGTGGGTGGGTGGGT | 39.4 ± 0.6 | −0.3 ± 0.2 | 44.4 ± 0.3 | −1.4 ± 0.2 |
| bT7-2 | TTGGTTTTTTTGTGGGTGGGTGGGT | 35.6 ± 0.6 | 0.2 ± 0.1 | 41.1 ± 1.1 | −0.8 ± 0.4 |
| bT1-3 | TTGGGTGTGGTGGGTGGGT | 65.6 ± 0.9 | −5.3 ± 0.3 | 75.8 ± 1.1 | −7.2 ± 0.3 |
| bT2-3 | TTGGGTGTTGGTGGGTGGGT | 46.1 ± 0.1 | −1.5 ± 0.1 | 57.6 ± 0.5 | −3.6 ± 0.3 |
| bT3-3 | TTGGGTGTTTGGTGGGTGGGT | 34.6 ± 0.6 | 0.3 ± 0.3 | 44.9 ± 0.5 | −1.5 ± 0.5 |
| bT4-3 | TTGGGTGTTTTGGTGGGTGGGT | 24.9 ± 2.1 | –d | 37.4 ± 1.0 | −0.2 ± 0.3 |
| bT5-3 | TTGGGTGTTTTTGGTGGGTGGGT | 19.6 ± 1.4 | –d | 32.4 ± 0.8 | 0.5 ± 0.2 |
| bT6-3 | TTGGGTGTTTTTTGGTGGGTGGGT | 14.7 ± 1.5 | –d | 28.7 ± 0.9 | 1.0 ± 0.2 |
| bT7-3 | TTGGGTGTTTTTTTGGTGGGTGGGT | –d | –d | 27.2 ± 0.5 | 1.6 ± 0.1 |
| bT1-4 | TTGGGTGGTGTGGGTGGGT | 65.3 ± 0.7 | −5.3 ± 0.3 | 72.0 ± 0.6 | −6.6 ± 0.1 |
| bT2-4 | TTGGGTGGTTGTGGGTGGGT | 66.5 ± 0.6 | −5.1 ± 0.2 | 70.5 ± 0.3 | −6.5 ± 0.2 |
| bT3-4 | TTGGGTGGTTTGTGGGTGGGT | 63.7 ± 0.8 | −5.2 ± 0.2 | 66.8 ± 0.5 | −5.8 ± 0.2 |
| bT4-4 | TTGGGTGGTTTTGTGGGTGGGT | 53.2 ± 0.6 | −3.1 ± 0.2 | 56.8 ± 0.5 | −4.0 ± 0.3 |
| bT5-4 | TTGGGTGGTTTTTGTGGGTGGGT | 45.5 ± 0.5 | −1.7 ± 0.1 | 50.1 ± 0.5 | −2.6 ± 0.1 |
| bT6-4 | TTGGGTGGTTTTTTGTGGGTGGGT | 40.1 ± 0.5 | −0.8 ± 0.2 | 45.5 ± 0.3 | −1.8 ± 0.2 |
| bT7-4 | TTGGGTGGTTTTTTTGTGGGTGGGT | 37.2 ± 0.4 | −0.1 ± 0.1 | 42.5 ± 0.9 | −1.1 ± 0.1 |
| bT1-5 | TTGGGTGGGTGTGGTGGGT | 64.7 ± 1.0 | −5.3 ± 0.3 | 74.8 ± 0.5 | −7.4 ± 0.3 |
| bT2-5 | TTGGGTGGGTGTTGGTGGGT | 45.5 ± 1.2 | −1.1 ± 0.4 | 57.2 ± 0.1 | −3.6 ± 0.1 |
| bT3-5 | TTGGGTGGGTGTTTGGTGGGT | 34.2 ± 1.5 | 0.4 ± 0.2 | 44.9 ± 0.2 | −1.7 ± 0.5 |
| bT4-5 | TTGGGTGGGTGTTTTGGTGGGT | 26.2 ± 1.0 | –d | 35.6 ± 0.3 | −0.4 ± 0.1 |
| bT5-5 | TTGGGTGGGTGTTTTTGGTGGGT | 22.0 ± 1.2 | –d | 31.9 ± 1.5 | 0.4 ± 0.1 |
| bT6-5 | TTGGGTGGGTGTTTTTTGGTGGGT | 18.6 ± 1.4 | –d | 29.3 ± 1.3 | 1.0 ± 0.1 |
| bT7-5 | TTGGGTGGGTGTTTTTTTGGTGGGT | 16.3 ± 0.4 | –d | 26.5 ± 1.5 | 0.5 ± 0.2 |
| bT1-6 | TTGGGTGGGTGGTGTGGGT | 63.2 ± 0.5 | −4.7 ± 0.2 | 71.8 ± 0.8 | −6.4 ± 0.2 |
| bT2-6 | TTGGGTGGGTGGTTGTGGGT | 63.3 ± 0.8 | −4.9 ± 0.1 | 67.4 ± 0.6 | −5.9 ± 0.2 |
| bT3-6 | TTGGGTGGGTGGTTTGTGGGT | 60.5 ± 0.6 | −4.5 ± 0.1 | 64.0 ± 0.6 | −5.2 ± 0.1 |
| bT4-6 | TTGGGTGGGTGGTTTTGTGGGT | 49.6 ± 0.6 | −2.4 ± 0.2 | 54.3 ± 0.5 | −3.2 ± 0.3 |
| bT5-6 | TTGGGTGGGTGGTTTTTGTGGGT | 41.6 ± 0.8 | −1.0 ± 0.1 | 48.1 ± 0.6 | −2.2 ± 0.1 |
| bT6-6 | TTGGGTGGGTGGTTTTTTGTGGGT | 36.7 ± 0.5 | −0.2 ± 0.1 | 42.8 ± 0.3 | −1.2 ± 0.1 |
| bT7-6 | TTGGGTGGGTGGTTTTTTTGTGGGT | 33.2 ± 0.9 | 0.5 ± 0.1 | 39.9 ± 1.1 | −0.6 ± 0.1 |
| bT1-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTGGT | 63.4 ± 0.5 | −4.8 ± 0.5 | 73.8 ± 0.2 | −7.0 ± 0.4 |
| bT2-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTGGT | 47.0 ± 0.1 | −1.3 ± 0.5 | 57.2 ± 0.1 | −3.8 ± 0.4 |
| bT3-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTTGGT | 31.9 ± 1.1 | 0.7 ± 0.2 | 43.6 ± 0.9 | −1.1 ± 0.2 |
| bT4-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTTTGGT | 25.2 ± 1.2 | 1.6 ± 0.3 | 35.1 ± 0.6 | −0.1 ± 0.2 |
| bT5-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTTTTGGT | 20.2 ± 0.3 | 1.7 ± 0.4 | 29.9 ± 0.8 | 0.7 ± 0.2 |
| bT6-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTTTTTGGT | 15.2 ± 1.2 | –d | 26.2 ± 0.6 | 1.1 ± 0.2 |
| bT7-7 | TTGGGTGGGTGGGTGTTTTTTTGGT | –d | –d | 24.9 ± 0.9 | –d |
| bT1-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTGT | 64.3 ± 0.5 | −4.0 ± 0.2 | 73.6 ± 0.4 | −6.6 ± 0.4 |
| bT2-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTGT | 58.5 ± 1.5 | −4.0 ± 0.2 | 65.6 ± 0.3 | −5.5 ± 0.5 |
| bT3-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTTGT | 56.3 ± 0.7 | −3.5 ± 0.5 | 60.5 ± 0.3 | −4.7 ± 0.4 |
| bT4-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTTTGT | 47.8 ± 1.5 | −1.1 ± 0.6 | 52.1 ± 1.2 | −2.8 ± 0.4 |
| bT5-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTTTTGT | 38.8 ± 1.2 | −0.2 ± 0.2 | 46.2 ± 0.1 | −1.5 ± 0.3 |
| bT6-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTTTTTGT | 34.9 ± 0.9 | 0.3 ± 0.1 | 43.8 ± 0.6 | −1.2 ± 0.5 |
| bT7-8 | TTGGGTGGGTGGGTGGTTTTTTTGT | 33.3 ± 0.3 | 0.9 ± 0.4 | 42.7 ± 0.7 | −1.1 ± 0.5 |
aExperiments were performed in 10 mM Tris–HCl buffer containing 10 mM KCl (pH 7.4 at 37°C).
bExperiments were performed in 10 mM Tris–HCl buffer containing 10 mM KCl and 10 wt% PEG 200 (pH 7.4 at 37°C).
cDNA concentration used for the measurement was 5 μM. d(-) represents the values cannot be calculated as the buG4 structures were unstable at 37°C.
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